Živeo je u Nikomediji.

Propovedao je Gricima jevanđelje koji su većinom bili pagani. U vreme progona hrišćana pod carem Maksimijanom, uhapšen je Sveti Zotik, zajedno sa svojim učenicima koje su razapeli na krstove, a on je doveden u Nikomediju. Tu su, nastavljajući progon, uhapsili Svetog Agatonika, i druge ostale hrišćane koji su se zatekli u gradu: Prinkipsa, Teoprepija, Akindina, Severijana, Zenona i mnoge druge. Zatim su ih sve zajedno odveli u Vizantiju.

Pogubljen pred carem Maksimilijanom

Tokom puta umrli su Sveti Zotik, Teoprepije i Akindin. Sveti Severijan je ubijen kod Halkidona, a Svetog Agatonika, sa ostalima, doveli su u grad Silimvriju u Trakiji gde su svi, nakon mučenja, posečeni mačem pred samim carem Maksimijanom.

U Carigradu je kasnije podignut hram posvećen Svetom Agatoniku.

Dan Svetog Agatonika pada u doba Međudnevice, kako narod naziva vreme između Male i Velike Gospojine. Od davnina se u ovom periodu po celoj Srbiji održavaju vašari i narodni sabori, pa se oni tradicionalno organizuju i na današnji dan.

Narodna verovanja

Narod kaže da se danas "valja" trgovati, pa se i po vašarima okupi veliki broj kupaca i prodavaca sa raznom robom. Veruje se da je ovo vreme za susrete i obnovu prijateljstva kako bi svi u miru i blagostanju ušli u zimu.