Rođen je u Sijetlu, u državi Vašington 21. januara 1953. Alen je pohađao jednu od privatnih škola u Sijetlu, i tamo još kao dečak upoznao Bila Gejtsa koji je bio skoro 3 godine mlađi od njega i delio istu strast i entuzijazam prema računarima.

Kasnije je ubedio Gejtsa da se ispiše sa Harvarda kako bi stvorili Majkrosoft. Alen je 1975. zajedno sa Bilom Gejtsom osnovao Majkrosoft u Albukerkiju, u državi Novi Meksiko i počeo je da promoviše programski jezik BASIC.

Alenu je 1982. dijagnostifikovana Hodžkinov limfom. Rak je uspešno izlečen nakon nekoliko meseci radio terapije. Ipak, nije se vratio u Majkrosoft i počeo je da se distancira od kompanije.

Alen je zvanično podneo ostavku na svoje mesto u upravnom odboru Majkrosofta u novembru 2000, ali je zamoljen da ostane kao konsultant u firmi. On i dalje poseduje 138 miliona deonica.